ucsc下载基因组及GTF注释文件是较为简单且常用的，推荐使用ucsc下载。

一.参考基因组下载

1.有三大网站可以提供基因组下载，它们分别是：

1).NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）

2).UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)

3).Ensemble （http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no）

2.UCSC下载人类hg19参考基因组

2.1 chromFa.tar.gz

chromFa.tar.gz - The assembly sequence in one file per chromosome.Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats Finder (with period of 12 or less) are shown in lower case; non-repeating sequence is shown in upper case.
每个染色体一个文件中的装配顺序。RepeatMasker和Tandem Repeats Finder的重复（周期为12或更短）以小写形式显示；大写显示非重复序列。

2.2 UCSC参考基因组下载链接

hg19：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
hg38：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.chromFa.tar.gz

human的genome从UCSC上下载很方便，一般只用考虑拼装好的染色体上的内容即可，其他的scafold可以不考虑即 chr1~22 and chrX,Y,M, chrM是线粒体DNA

将hg19链接复制到迅雷下载并上传到服务器

1
2
3

tar -zvfx chromFa.tar.gz#hg19的解压生成不同染色体的文件
cat *.fa > hg19.fa #对解压后的.fa文件进行合并，把所有染色体信息整合到一个文件
rm -rf chr* #删除单独的染色体文件

3.Ensemble 下载人类hg19参考基因组

网址：http://asia.ensembl.org/index.html

hg19基因组下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/current/fasta/homo_sapiens/dna/

绿色箭头是所有的拼装信息，包含很多冗余成分；红色箭头是精简信息，不要下载toplevel,这里用Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz

4.genecode下载基因组

1 2	# Download genome fasta file into the genome/ folder wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M12/GRCm38.p5.genome.fa.gz

二.注释下载

不同网站的GTF染色体编号不一样，有的是纯数字1,2,3…，有的是chr1,chr2,chr3…..。下载时应注意基因组与染色体是否一致。

GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注，而GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置（coordinate），并且还标注了这一段区间的其他信息

1.UCSC下载人类hg19GTF

hg19:网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

hg38:只需把上图红色箭头标记对应的版本改为hg38即可

2.Ensemble 下载人类hg19基因组GTF

下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/current/gtf/homo_sapiens/

Homo_sapiens.GRCh37.87.abinitio.gtf.gz 机器重头注释

我们一般下载的是Homo_sapiens.GRCh37.87.gtf.gz

3.genecode下载hg19基因组GTF（推荐）

网址：https://www.gencodegenes.org/human/release_29.html`

引用

1.RNA-seq练习第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）

2.RNAseq004 转录组入门(4)：参考基因组下载

zero

RNA-seq第二部分（基因组序列下载，注释文件下载）